任友群表示，《意見》支持重點領域改革。以基礎學科、卓越工程師培養改革作為引領示范。支持具備條件的高水平研究型大學把基礎學科主要定位于培養學術學位博士生，開展改革試點。支持以卓越工程師培養為引領，創新聯合培養機制，打造工程師技術中心，完善導師選聘和考核、重構核心課程等改革措施。

《意見》還特別強調要加強組織保障，要求培養單位加強工作部署，完善政策舉措和質量保障體系，健全治理體系和運行管理機制，強化分類管理、分類指導、分類保障，鼓勵具備條件的培養單位為專業學位獨立設置院系或培養機構。